Məhkəmə hakimiyyəti Konstitusiya, mülki və cinayət məhkəmə icraatı vasitəsi ilə və qanunla nəzərdə tutulmuş digər vasitələr ilə həyata keçirilir.
İnsan hüquqlarının və əsas azadlıqların müdafiəsi haqqında Avropa Konvensiyasının 6-cı maddəsinə müvafiq olaraq, hər kəs, onun mülki hüquq və vəzifələri müəyyən edilərkən və ya ona qarşı hər hansı cinayət ittihamı irəli sürülərkən, qanun əsasında yaradılmış müstəqil və qərəzsiz məhkəmə vasitəsilə, ağlabatan müddətdə işinin ədalətli və açıq araşdırılması hüququna malikdir. Belə ki, insan hüquq və azadlıqlarının konstitusiya təminatına əsasən hər kəsin məhkəmə müdafiəsi hüququnu qanunvericiliklə müəyyən edilmiş prinsiplər və prosedurlar üzrə müvafiq mübahisələrin və münaqişələrin həlli yolu ilə yalnız məhkəmələr təmin edirlər.
Məhkəmələr üçün qanunun aliliyi və ədalətlilik kimi ümumbəşəri dəyərlər, ölkədə xalqın iradə ifadəsi kimi çıxış edən milli hüquq, habelə müasir demokratik cəmiyyətdə qəbul edilən beynəlxalq hüququn və məhkəmə icraatının prinsipləri mühüm əhəmiyyət kəsb edir. Hakimlər öz funksiyalarını qanuna uyğun, dəqiq, ağlabatan müddətlərdə, hər hansı üstünlüyə, ayrı-seçkiliyə və ya qərəzliliyə yol vermədən həyata keçirməklə, qanunda nəzərdə tutulmayan fərqlər qoymadan işdə iştirak edən bütün şəxslərə hörmət göstərməklə, tərəflərin bərabərliyi və çəkişməsinə əməl etməklə, işlərə hərtərəfli və sübutların əsasında baxaraq hər kəsin ədalətli məhkəmə araşdırması hüququnu təmin etməlidirlər. Azərbaycan Konstitusiyanın 125-ci maddəsinə görə, Azərbaycan Respublikasında məhkəmə hakimiyyətini ədalət mühakiməsi yolu ilə yalnız məhkəmələr həyata keçirirlər. Məhkəmə hakimiyyəti Konstitusiya, mülki və cinayət məhkəmə icraatı vasitəsi ilə və qanunla nəzərdə tutulmuş digər vasitələr ilə həyata keçirilir. Cinayət məhkəmə icraatında Azərbaycan Respublikasının Prokurorluğu və müdafiə tərəfi iştirak edir.
Qeyd edək ki, məhkəmə icraatı həqiqətin müəyyən edilməsini təmin etməlidir. Məhkəmə hakimiyyətinə ictimaiyyət tərəfindən etimad bəslənməsi və ona hörmət olunması məhkəmə işinin səmərəliliyinin təminatıdır. Məhkəmələr nəinki konkret məhkəmə araşdırmasında iştirak edən tərəflərin, eləcə də bütövlükdə cəmiyyətin etimadına malik olmalı, işlərə tərəflərin hüquq bərabərliyinə, faktlara əsasən və qanuna müvafiq baxırmalıdırlar. Bu Konstitusiyanın 127-ci maddəsində öz əksini tapıb. Bu maddədə qeyd olunduğu kimi hakimlər müstəqildir, yalnız Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasına və qanunlarına tabedirlər və səlahiyyətləri müddətində dəyişilməzdirlər. Hakimlər işlərə qərəzsiz, ədalətlə, tərəflərin hüquq bərabərliyinə, faktlara əsasən və qanuna müvafiq baxırlar. Hər hansı bir şəxs tərəfindən və hər hansı bir səbəbdən bilavasitə, yaxud dolayı yolla məhkəmə icraatına məhdudiyyət qoyulması, qanunla zidd təsir, hədə və müdaxilə edilməsi yolverilməzdir. Ədalət mühakiməsi vətəndaşların qanun və məhkəmə qarşısında bərabərliyi əsasında həyata keçirilir. ilə iştirak etmək və məhkəmədə ana dilində çıxış etmək hüququ təmin edilir.
Azərbaycan Respublikasında məhkəmə hakimiyyəti isə Konstitusiya Məhkəməsi, habelə ümumi yurisdiksiyalı məhkəmələr - Ali Məhkəmə, apellyasiya instansiyası məhkəmələri, digər ümumi və ixtisaslaşdırılmış məhkəmələr tərəfindən müvafiq məhkəmə icraatı və qanunla nəzərdə tutulmuş digər vasitələrlə həyata keçirilir.
«Məhkəmələr və hakimlər haqqında» Azərbaycan Respublikasının Qanununa əsasən ümumi yurisdiksiyalı məhkəmələr qanunvericilikdə nəzərdə tutulmuş hallarda və qaydada mülki, inzibati xətalara dair və cinayət işləri üzrə ədalət mühakiməsini həyata keçirirlər. Bu məhkəmələrdə həyata keçirilən məhkəmə icraatının qaydaları müvafiq olaraq Azərbaycan Respublikasının Mülki Prosessual Məcəlləsi, İnzibati Xətalar Məcəlləsi və Cinayət-Prosessual Məcəlləsi ilə müəyyən olunur.
Ümumi yurisdiksiyalı məhkəmələr icraatlarında olan işin faktiki hallarını müəyyən edir (bunu birinci və apellyasiya instansiyası məhkəmələri edirlər), habelə maddi və prosessual hüquq normalarını tətbiq edərək müvafiq məhkəmə qərarları qəbul edirlər. Həmin qərarlara qanunvericiliklə müəyyən olunmuş qaydada və hallarda yuxarı məhkəmələr tərəfindən yenidən baxıla bilər. İstənilən digər məhkəmə instansiyasının qərarı kimi Ali Məhkəmənin (kassasiya və əlavə kassasiya icraatının) qərarlarına da yenidən baxıla bilər. Bunun üçün Azərbaycan Respublikasının mövcud qanunvericiliyində müvafiq qaydalar müəyyən edilmişdir.
Konstitusiya Məhkəməsi isə Azərbaycan Respublikasının ali konstitusiya ədalət mühakiməsi orqanıdır. Digər məhkəmələrdən fərqli olaraq onun bütün səlahiyyətləri birbaşa Konstitusiyada (86-cı maddədə, 88-ci maddənin I hissəsində, 102-ci maddədə, 104-cü maddənin II və III hissələrində, 107-ci maddənin I hissəsində, 130-cu maddənin III - X hissələrində və 153-cü maddədə) göstərilir.
86-cı maddədə qeyd olunub ki, seçkilərin nəticələrinin düzgünlüyünü qanunla müəyyən olunmuş qaydada Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi yoxlayır və təsdiq edir. 88-ci maddənin I hissəsində isə bildirilir ki. Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi hər il iki növbəti yaz və payız sessiyalarına yığılır. Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin deputatının səlahiyyətləri təsdiq edildikdən sonra Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin ilk iclası həmin gündən başlayaraq bir həftədən gec olmayaraq çağırılır. Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin ilk iclasının keçirilmə vaxtını Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi müəyyən edir.
Azərbaycan Respublikası Prezidenti seçkilərinin yekunları haqqında məlumatı da Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya məhkəməsi səsvermə günündən sonra 14 gün ərzində rəsmən elan edir.
Bundan başqa, Konstitusiya məhkəməsi Azərbaycan Respublikasının Prezidenti istefa verdikdə onun istefa ərizəsi Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsinə təqdim olunur. Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi istefa ərizəsini Azərbaycan Respublikası Prezidentinin özünün verdiyinə əmin olduğu təqdirdə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin istefasının qəbul olunması haqqında qərar qəbul edir. Həmin andan Azərbaycan Respublikasının Prezidenti istefa verdiyinə görə vəzifədən getmiş sayılır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səhhətinə görə öz səlahiyyətlərini icra etmək qabiliyyətini tamamilə itirdiyi barədə məlumat verildikdə Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi bu faktın aydınlaşdırılması üçün Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsinə müraciət edir. Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi bu barədə qərarı hakimlərin 6 səs çoxluğu ilə qəbul edir. Əgər Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi bu faktı təsdiq etməzsə, məsələ bununla bitmiş sayılır.
107-ci maddənin I hissəsində qeyd edilib ki, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin vəzifədən kənarlaşdırılması təşəbbüsü Azərbaycan Respublikasının Prezidenti ağır cinayət törətdikdə Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinin təşəbbüsü ilə Azərbaycan Respublikası Ali Məhkəməsinin 30 gün müddətində verilən rəyi əsasında Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi qarşısında irəli sürülə bilər.
Azərbaycan Respublikasının Konstitusiya Məhkəməsi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin, Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin, Azərbaycan Respublikası Ali Məhkəməsinin, Azərbaycan Respublikası Prokurorluğunun, Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sorğusu əsasında Azərbaycan Respublikası qanunlarının, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarının, Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin qərarlarının, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarının, mərkəzi icra hakimiyyəti orqanlarının normativ hüquqi aktlarının Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına uyğunluğu, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanlarının, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarının, mərkəzi icra hakimiyyəti orqanlarının normativ hüquqi aktlarının Azərbaycan Respublikası qanunlarına uyğunluğu, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarının, mərkəzi icra hakimiyyəti orqanlarının normativ hüquqi aktlarının Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanlarına uyğunluğu, Azərbaycan Respublikası Ali Məhkəməsinin qərarlarının qanunda nəzərdə tutulmuş hallarda Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına və qanunlarına uyğunluğu,bələdiyyə aktlarının Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına, Azərbaycan Respublikası qanunlarına, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanlarına, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarına (Naxçıvan Muxtar Respublikasında həm də Naxçıvan Muxtar Respublikasının Konstitusiyasına, qanunlarına və Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarına) uyğunluğu, Azərbaycan Respublikasının qüvvəyə minməmiş dövlətlərarası müqavilələrinin Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına uyğunluğu; Azərbaycan Respublikasının hökumətlərarası müqavilələrinin Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına və qanunlarına uyğunluğu,Naxçıvan Muxtar Respublikası Konstitusiyasının, qanunlarının, Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin qərarlarının və Nazirlər Kabinetinin qərarlarının Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasına uyğunluğu; Naxçıvan Muxtar Respublikası qanunlarının, Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarının Azərbaycan Respublikası qanunlarına uyğunluğu; Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarının Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanlarına və Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarlarına uyğunluğu, qanunvericilik, icra və məhkəmə hakimiyyətləri arasında səlahiyyətlər bölgüsü ilə bağlı mübahisələri həll edir.