Dövlət quruculuğunu şərtləndirən mühüm amillərdən biri də ölkənin hüquq sisteminin təşkilidir. Bu sistemin təşkili ümummilli lider Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır. Onun rəhbərliyi ilə Konstitusiya müddəalarının həyata keçirilməsi, demokratik təsisatların və qanunun aliliyi prinsiplərinin möhkəmləndirilməsi, hüquqi islahatların ardıcıl və keyfiyyətlə aparılması üçün Hüquqi İslahat Komissiyası yaradıldı. Hüquqi sahədə islahatların mütəşəkkil aparılmasına xüsusi əhəmiyyət verən ümummili liderimiz Hüquqi İslahat Komissiyasına rəhbərliyi bilavasitə öz üzərinə götürdü, qısa müddət ərzində hüquq sisteminin təməlini təşkil edən mühüm qanun və məcəllələr qəbul edildi, məhkəmə və hüquq mühafizə orqanlarının funksiya və səlahiyyətlərinə yenidən baxıldı. Nəticə etibarilə Azərbaycanda əvvəlkindən prinsipcə köklü surətdə fərqlənən yeni hüquq və 3 pilləli, müstəqil məhkəmə sistemi formalaşdırıldı. Bu da dövlət quruculuğu sahəsində önəmli addım idi.
Hüquqi islahatlar çərçivəsində Ədliyyə Nazirliyinin fəaliyyətində də əsaslı dəyişikliklər aparıldı, onun üzərinə əlavə mühüm vəzifələr qoyuldu, funksiya və səlahiyyətləri genişləndirildi.
Prezident İlham Əliyevin gərgin əməyinin nəticəsi Ədliyyə Nazirliyində və bütövlükdə ölkəmizin məhkəmə-hüquq sistemində də əsaslı islahatlar aparıldı, bu mühüm sahədə fəaliyyətin təkmilləşdirilməsi, ədliyyə orqanlarının inkişafı, ədalət mühakiməsinin səmərəliliyinin artırılması, müstəqil məhkəmə hakimiyyətinin möhkəmləndirilməsi üzrə genişmiqyaslı təbirlər həyata keçirildi. Möhtərəm Prezidentimizin ədliyyə sisteminə göstərdiyi diqqət və qayğının əyani təzahürü olaraq ədliyyə fəaliyyətinin normativ-hüquqi bazasının təkmilləşdirilməsi və ədliyyə orqanlarının inkişafı ilə bağlı tarixi əhəmiyyətli sənədlər qəbul edildi. Ədliyyə naziri Fikrət Məmmədovun sözlərinə görə, ədliyyə sahəsində aparılan islahatların nəticəsi olaraq Ədliyyə Nazirliyinin cəmiyyətdə rolu və nüfuzu xeyli artdı və o, hüquq siyasətini həyata keçirən əsas orqanlardan birinə çevrildi. “Məhz ümummilli liderimizin başladığı köklü islahatların nəticəsidir ki, müasir Azərbaycan ədliyyəsinin inkişafı davamlı prosesə çevrilib, onun təməlini qoyduğu hüquqi islahatlar bu gün ölkə Prezidenti cənab İlham Əliyevin rəhbərliyi ilə uğurla həyata keçirilir”. İslahatlar isə davam edirdi. 2006-cı ili aprel ayının 18-də ölkə Prezidenti tərəfindən "Azərbaycan Respublikasının Ədliyyə Nazirliyi haqqında Əsasnamə" təsdiq edildi, may ayında isə ölkə Prezidentinin qanunvericilik təşəbbüsü əsasında Milli Məclis tərəfindən "Ədliyyə orqanlarında qulluq keçmə haqqında" Qanun qəbul edildi. Bütün ədliyyə sistemi üçün müstəsna tarixi əhəmiyyətə malik olan bu sənədlərin qəbul edilməsi ədliyyə işçilərində böyük minnətdarlıq hissi doğurdu, eyni zamanda onların üzərinə yeni vəzifələr qoydu. Dövlət başçısı tərəfindən "Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında" 17 avqust 2006-cı ildə xüsusi Fərman imzalanması və Nazirliyin yeni strukturunun təsdiq edilməsi Azərbaycan ədliyyəsinin təkmilləşməsində yeni mərhələ oldu. Fərmanla Nazirliyin strukturunda ciddi dəyişikliklər edildi, yeni, mühüm struktur qurumlar yaradıldı, məhkəmə-hüquq sahəsində çalışan çoxminli kollektivə xidmət edəcək Ədliyyə Akademiyası təsis olundu, ilk dəfə olaraq regional ədliyyə şöbələri yaradıldı.
Nazir bu barədə bildirib: “Ədliyyə sisteminin müasirləşdirilməsi üzrə aparılan genişmiqyaslı islahatlar nəticəsində Ədliyyə Nazirliyinin səlahiyyətləri genişləndirildi, ona hüquq-mühafizə orqanı statusu verildi. Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında fərmanın, Dövlət Proqramının, habelə nazirliyin Əsasnaməsinin və qulluq keçmə haqqında yeni Qanunun qəbulu xüsusi əhəmiyyət kəsb etdi.
“Azərbaycan Respublikası regionlarının sosial-iqtisadi inkişafı Dövlət Proqramı” (2004-2008-ci illər) respublikanın bölgələrində iqtisadi inkişafı sürətləndirməklə yanaşı, yerlərdə vətəndaşlara göstərilən hüquqi yardımın yüksəldilməsini də vacib məsələ kimi önə çıxartdı. Bu prizmadan 2006-2007-ci illər bütövlükdə ədliyyə sisteminin, o cümlədən bələdiyyələrin fəaliyyətinə inzibati nəzarətin müasir tələblərə uyğun təkmilləşdirilməsi ilə əlamətdar oldu.
Regionların sosial–iqtisadi inkişafına xüsusi önəm verən dövlətimizin başçısı rayonlarda yaşayan vətəndaşlara göstərilən hüquqi yardımın səviyyəsini yaxşılaşdırmaq, onlarda narazılıq doğuran sui– istifadə, süründürməçilik hallarını, eləcə də digər nöqsanları aradan qaldırmaq, ədalət mühakiməsinin səmərəliliyini yüksəltmək, məhkəmələrə inamı artırmaq, vətəndaşların müraciət imkanlarını asanlaşdırmaq məqsədilə 19 yanvar 2006–cı il tarixdə fərman imzaladı. Fərmanın icrası ilə əlaqədar Bakı, Gəncə, Sumqayıt, Şirvan və Şəki (rayon) şəhərlərində yeni apelyasiya məhkəmələri yaradılmış, məhkəmə hakimiyyətinin cəmiyyətdə nüfuzlu təsisat kimi rolu daha da artdı.
Azərbaycan Prezidenti cənab İlham Əliyevin 17 avqust 2006–cı il tarixli digər fərmanı ilə məhkəmələrdə hakimlərin sayı 153 ştat vahidi artırıldı, bu isə cinayət işlərinə baxılmasında operativliyi, səmərəliliyi və keyfiyyəti əhəmiyyətli dərəcədə yüksəltdi.
Bu barədə hüquqşünas Kəmaləddin Həsənov bildirib: “ Azərbaycan Prezidenti cənab İlham Əliyevin “Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında” 17 avqust 2006-cı il tarixli fərmanının bu baxımdan çox böyük əhəmiyyəti vardır. Bu fərman və nazirliyin yeni strukturunun təsdiq edilməsi Azərbaycan ədliyyəsinin təkmilləşməsində yeni mərhələ olaraq, ədliyyə sistemində miqyaslı islahatlara yeni start verdi. Qeyd olunan fərmanla regional ədliyyə şöbələrinin yaradılması Azərbaycan ədliyyə sistemində bir yenilikdir. Dövlət başçısının fərmanında regional ədliyyə şöbələrinin yaradılması qərara alınarkən yerlərdə ədliyyə orqanlarının fəaliyyətinin əlaqələndirilməsi və onlara nəzarətin gücləndirilməsi, əhalinin ədliyyə orqanlarına müraciətetmə imkanlarının asanlaşdırılması, bələdiyyələrin fəaliyyətinə inzibati nəzarətin səmərəsinin artırılması məqsədi əsas götürüldü”. Onun sözlərinə görə, regionlarda ədliyyə şöbələrinin yaradılması sahibkarlara hüquqi yardımım göstərilməsində böyük rol oynayır.
Ötən müddətdə ölkə başçısının məhkəmə və ədliyyə sisteminin fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi məqsədilə imzaladığı ən mühüm sənədlərdən biri “Azərbaycan ədliyyəsinin inkişafına dair 2009– 2013–cü illər üçün Dövlət Proqramı”dır. Dövlət Proqramı ədliyyə orqanlarının və məhkəmələrin dinamik inkişafının təmin edilməsi, yeni informasiya və kommunikasiya texnologiyalarının tətbiqi, normativ–hüquqi və maddi–texniki təminatın yaxşılaşdırılması, kadr potensialının gücləndirilməsi üçün geniş imkanlar açıb.
Bundan başqa, Məhkəmə–Hüquq Şurası hakimliyə namizədlərin şəffaf prosedur əsasında, beynəlxalq tələblərə uyğun seçilməsi məqsədilə ilk dəfə 2000–ci ildə test üsulu ilə imtahan və müsabiqənin keçirilməsini təmin etdi. Seçim prosesi, bir qayda olaraq, şəffaf və obyektiv aparılır, ədliyyə orqanlarına yüksək hazırlıqlı kadrlar qəbul edilir. Ən mütərəqqi qaydalarla seçilmiş yeni nəsil hakimlər artıq bütün hakim korpusunun yarısını təşkil edirlər
Nazir bildirib ki, kadr korpusunun yüksək hazırlıqlı hüquqşünaslar hesabına formalaşdırılması xüsusi əhəmiyyət kəsb edir. “Burada ulu öndərimizin: "Sağlam mənəviyyat qanun keşiyində duran hər bir məmurumuz üçün əsas meyar olmalıdır" sözlərini xatırlatmaq istərdim. Ümummilli liderimizin bu meyarları nazirliyin kadr işində daim diqqətdə saxlanılır. Ədliyyə orqanlarına qulluğa qəbul açıq müsabiqələr vasitəsilə keçirilir və dövlət orqanları arasında ilk dəfə olaraq imtahanlar artıq internetdə canlı yayımlanır. Həmçinin, proseduru o dərəcədə sadələşdirilmşdir ki, test imtahanında iştirak etmək üçün təkcə ərizə vermək kifayətdir.
Eyni zamanda, ölkəmizdə ilk dəfə olaraq peşə fəaliyyətinə buraxılış institutu tətbiq olunub, ədliyyə işçilərinin, prokurorların, vəkillərin və digər hüquqşünasların ixtisasının artırılması yeni yaradılmış Ədliyyə Akademiyasına həvalə edilib”.